中小型企业在内控制度、经营情况、貿易安全性层面与海关AEO认证规定不相符合，本身管理模式和管理方法机器设备落伍，变成中小型企业申请办理AEO认证的关键阻碍。比如，在广东省沿海城市很多大家族型中小企业大部分选用手工制作做账，针对与进出口贸易有关材料未建立完善的存档规章制度，沒有超过海关规定的报关单据最少储存5年的规定。内部控制制度不健全造成海关过后监管难度系数提升。

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