海关基于贸易安全的考虑，将申请AEO认证企业的商业合作伙伴也纳入到了审核范围之内，审查的重点在于该商业伙伴的安全控制措施。海关进行审核时，首先对申请企业用于选择、评估和考核该商业伙伴的书面文件进行审查；其次，还要审核该商业伙伴是否在内部建立了符合认证标准的评估制度，并在与申请企业之间签订的协议中明确了AEO认证中有关贸易安全的标准以及实际执行情况。此外，如果申请企业是一家贸易型企业，则海关还会抽取与其有商业合作关系的一家国内主要供应商，并对该供应商的贸易安全进行实地检查。如该供应商属于海关AEO认证企业，可免于相关评估及检查手续。

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